« Zoonose de ping-pong » : le COVID se propage des humains aux animaux et vice-versa

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Il y a quelques signes que la pandémie de COVID diminue aux États-Unis, janvier 2023 étant moins grave que janvier 2022. Les cas, les hospitalisations et les décès sont tous en légère baisse, selon les données des Centers for Disease Control and Prevention. Mais nos lignes de base ont changé, modifiant notre définition de la normale. Ces mesures, en particulier les décès, sont toujours beaucoup plus élevées que ce que nous avons toléré historiquement. Et bien que les choses ne soient pas aussi mauvaises qu’elles l’étaient il y a un an, comme nous l’avons vu à maintes reprises tout au long de la pandémie, cela a une façon de revenir en arrière lorsque nous baissons notre garde.

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Les experts sont particulièrement préoccupés par le fait que le virus passe des humains aux animaux, puis revient, présentant à chaque fois de nouvelles opportunités pour de nouvelles mutations dans différentes créatures. Et de nombreux experts craignent que nous n’en fassions pas assez pour surveiller la situation, ce qui signifie qu’une nouvelle variante désagréable et surprenante pourrait émerger de ce jeu viral de ping-pong d’humain à animal à humain.

“Cette transmission va-et-vient est également appelée” zoonose de ping-pong “ou” zooanthroponose “, comme dans le cas d’une variante circulante du SRAS-CoV-2 comme BQ.1.1 ou BF.7 qui se transmet des humains aux mammifères .”

Certes, les choses ont beaucoup changé depuis l’épidémie initiale de 2020. Nous avons d’excellents vaccins contre le virus et nous savons que des masques de haute qualité sont efficaces pour atténuer la propagation. Nous avons également de nombreux médicaments et thérapies pour lutter contre le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID.

Mais, comme le font les virus, le SRAS-CoV-2 continue de muter. Les virus sont des micro-organismes pathogènes vivants ou non (les scientifiques débattent encore activement de cette question). Lorsqu’ils nous infectent, ils détournent le code génétique de nos cellules pour faire des copies d’eux-mêmes. Ces Xerox viraux peuvent être un peu bâclés et les erreurs peuvent rendre le virus plus destructeur ou moins. C’est normal et même prévu.

Les virus les moins préoccupants ont tendance à disparaître. Mais les variantes les plus préoccupantes – pensez à alpha, delta ou aux nombreuses ramifications d’omicron – peuvent propager la maladie, l’invalidité et la mort dans le monde. Alors que l’immunité diminue – également un problème normal et attendu avec les coronavirus – des variantes légèrement différentes du virus peuvent échapper à nos défenses corporelles et à toutes les thérapies que nous lui proposons, bien que les vaccins restent efficaces contre les maladies graves et la mort.

Les experts surveillent attentivement les mutations problématiques depuis le premier séquençage du SRAS-CoV-2 en janvier 2020. Un nouvel article dans la revue Nature Reviews Microbiology tente de résumer certains de ces changements récents et d’aider les experts en santé publique à tenter de les gérer.

Ce ne sera pas facile. Les auteurs, dont le professeur David Robertson, virologue à l’Université de Glasgow, détaillent les nombreuses façons dont le virus a muté pour échapper à notre immunité, à la fois contre les vaccins et en convalescence. (Se faire vacciner dans ce cas est moins susceptible de vous empêcher de tomber malade, mais les vaccins protègent toujours largement contre la mort et l’hospitalisation.) Il y a quelques “implications imprévisibles”, observent-ils, qui sont particulièrement préoccupantes.

Le premier est que le virus pourrait se propager des humains aux animaux et inversement. La seconde est que nous n’en faisons pas assez pour surveiller ces mutations en faisant moins de séquençage, qui est une méthode d’étude de la composition génétique contrastée des organismes – en jouant une sorte de version minuscule très complexe de repérer la différence.

“Il existe de nombreux pays avec une faible capacité de séquençage, ou des endroits avec une bonne surveillance auparavant qui diminuent ou suppriment complètement le séquençage”, ont écrit Robertson et ses collègues. “C’est gênant car un manque de surveillance génomique signifiera que les futures variantes seront détectées beaucoup plus tard ou pourraient circuler à de faibles niveaux avant une éventuelle détection. Il y a donc un besoin d’une couverture de surveillance étendue et équitable pour détecter rapidement de nouvelles potentielles [variants of concern] parmi ces individus et ces communautés avant qu’ils ne se propagent plus largement.”


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Lorsqu’un virus passe des animaux aux humains, cela s’appelle une zoonose, du grec zōon “animal” et nosos “maladie”. Jusqu’à présent, il n’y a pas beaucoup de preuves que les animaux nous transmettent le COVID, même si nous le leur avons fait plusieurs fois. (Bien sûr, la théorie dominante sur l’origine du SRAS-CoV-2 est qu’il provient des chauves-souris.) Une fois que le COVID est devenu mondial, les humains l’ont partagé avec des cerfs, des chiens, des hamsters, des animaux de zoo et de nombreuses autres espèces de mammifères. Mais aucune créature n’a absorbé plus de virus de notre part que le vison, une espèce de la famille des belettes qui est élevée pour sa fourrure.

Le Dr Rajendram Rajnarayanan, doyen adjoint de la recherche et professeur associé au campus de l’Institut de technologie de New York à Jonesboro, Arkansas, suit ces transferts zoonotiques inverses depuis un certain temps. Il a dénombré 133 cas chez les chats, 323 chez les cerfs et 1 320 chez les visons. En général, les élevages de visons sont une mauvaise idée, certains ayant récemment propagé la grippe aviaire.

Les réservoirs animaux sont la raison pour laquelle la variole a pu être éradiquée dans les années 80 grâce à une campagne mondiale de vaccination – parce que, tout simplement, il n’y a pas de réservoirs animaux pour la variole.

“Cette transmission va-et-vient est également appelée” zoonose de ping-pong “ou” zooanthroponose “, comme dans le cas d’une variante circulante du SRAS-CoV-2 comme BQ.1.1 ou BF.7 qui se transmet des humains aux mammifères “, a déclaré Rajnarayanan à Salon dans un e-mail. Lorsque cela se produit, cela crée un “réservoir” pour le virus, un endroit où il peut toujours se cacher et potentiellement revenir. Nous le voyons avec l’épidémie occasionnelle de peste bubonique, qui est causée par la bactérie Yersinia pestis et vit dans les rongeurs sauvages comme les marmottes. Heureusement, alors que la peste a tué des millions de personnes au Moyen Âge, elle peut aujourd’hui être traitée avec des antibiotiques.

Nous n’avons pas toujours autant de chance. Pour prendre un exemple, le virus de la grippe H1N1 qui a causé la pandémie de 2009 est parfois appelé virus « quadruple réassorti », car des segments du virus provenaient d’humains, d’oiseaux et de deux espèces de porcs, nord-américain et eurasien. Il s’agit d’un exemple de zoonose inverse qui, selon les estimations du CDC, a tué plus d’un demi-million de personnes dans le monde.

Les réservoirs animaux sont la raison pour laquelle la variole a pu être éradiquée dans les années 80 grâce à une campagne mondiale de vaccination – parce que, tout simplement, il n’y a pas de réservoirs animaux pour la variole. Les animaux ne peuvent pas propager la variole, ils ne peuvent donc pas la retenir et nous la transmettre. Ce n’est pas le cas avec COVID ou d’autres virus, comme Ebola ou mpox. Comme pour la peste bubonique, il est peu probable que nous éradiquions totalement un virus, une bactérie ou un agent pathogène présent naturellement chez les animaux.

“Les réservoirs animaux maintiennent également une lignée en circulation et la réintroduisent potentiellement dans la circulation à un moment opportun”, a déclaré Rajnarayanan.

“Tout comme de nombreux agents pathogènes peuvent passer des non-humains aux humains, certains peuvent également passer des humains aux non-humains”, a déclaré le Dr T. Ryan Gregory, biologiste de l’évolution et du génome à l’Université de Guelph au Canada. e-mail. “Le résultat pourrait être que même si nous parvenons à éliminer l’agent pathogène des populations humaines, il pourrait réapparaître plus tard et provoquer une épidémie en revenant chez les humains d’une autre espèce. [Additionally], si un agent pathogène circule dans une autre espèce, alors il évoluera dans les conditions d’immunité de cette espèce, qui sont susceptibles d’être différentes des nôtres. Cela pourrait aboutir à une variante assez différente et contre laquelle nous n’aurions pas une forte immunité si elle revenait aux humains.”

Alors que nous approchons du troisième anniversaire des commandes de séjour à domicile COVID et de la panique initiale (justifiée) de la pandémie, tant de gens sont tellement épuisés qu’ils ont déclaré que la pandémie était terminée. Le 17 janvier, le représentant Brett Guthrie (R-KY) a présenté le “Pandemic is Over Act”, un projet de loi parrainé par plus d’une douzaine d’autres républicains de la Chambre, dans le but d’annuler l’urgence de santé publique que les Américains ont introduite au printemps 2020. Mais Le président Joseph Biden a dit essentiellement la même chose il y a quelques mois, bien que sa citation selon laquelle la pandémie est “terminée” ait été principalement sortie de son contexte.

Pourtant, la pandémie n’est pas terminée. Non seulement des milliers de personnes meurent encore chaque semaine, mais la Chine subit actuellement l’une de ses pires épidémies à ce jour, avec environ 80% de la population (environ 1,12 milliard de personnes) infectée lors de la dernière vague. Chaque infection est une nouvelle opportunité pour le virus de muter en quelque chose contre lequel nos défenses vont lutter. Bien qu’il n’y ait aucune garantie que l’épidémie de la Chine créera d’énormes problèmes pour le reste du monde, nous avons vu omicron et delta émerger de vagues similaires en Afrique du Sud et en Inde respectivement.

Pendant ce temps, comme l’a noté l’article de Nature Reviews Microbiology, de nombreux pays rappellent la surveillance précisément au moment où nous devrions surveiller l’émergence de nouvelles variantes, d’origine animale ou autre. À l’heure actuelle, nous avons environ 700 sous-lignées d’omicron, selon Rajnarayanan, qui est parfois appelée une “soupe de variantes”. Il convient de noter que le changement climatique est une des principales raisons de toutes les pandémies récentes et que les maladies virales devraient s’aggraver à mesure que la planète se réchauffe.

“L’évolution des variantes devient de plus en plus complexe, et il est plus important que jamais de détecter, caractériser et suivre les variantes à mesure qu’elles évoluent et se propagent”, a déclaré Gregory. “Les eaux usées sont particulièrement utiles pour identifier la présence de variantes” cryptiques “, c’est-à-dire celles qui ne sont pas largement diffusées mais qui sont encore potentiellement importantes.”

Malheureusement, certains théoriciens du complot veulent blâmer tout ce gâchis sur les vaccins, même si ce n’est pas ainsi que fonctionne la vaccination. Bien que l’immunité contre les vaccins ou les infections passées crée une pression sélective importante, selon Gregory, ce sont majoritairement les infections qui entraînent l’évolution des variantes.

“En fin de compte, c’est le fait que beaucoup de virus circulent, mutent et sont soumis à la sélection naturelle qui est le plus gros problème”, a déclaré Gregory. “C’est pourquoi l’atténuation est également importante. Les vaccins font un bon travail pour prévenir les maladies aiguës graves, mais ils n’arrêtent pas la transmission et nous avons donc besoin d’autres mesures. Heureusement, celles dont nous disposons, telles que le port de masques de haute qualité (N95), la ventilation, la filtration de l’air et la réduction de la taille des foules à l’intérieur sont toutes à l’épreuve des variantes.”

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